Вопрос один: что с арендой?

Исходя из описанной ситуации, не совсем понятно, кто является стороной по сделке – договору аренды со стороны арендодателя. Если это государственное предприятие (т.е. унитарное предприятие), которому недвижимое имущество принадлежит на праве хозяйственного ведения или оперативного управления – то это одна ситуация. Если имущество в собственности организации, созданной в форме акционерного общества, акции которого в собственности государства (или субъекта РФ) – то ситуация совсем другая.

Учитывая, что арендные платежи вы осуществляете на счета государственного органа (скорее всего, это Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом) или счета органа, уполномоченного на распоряжение имуществом субъекта Российской Федерации (данный момент также не отражен в вопросе), то, скорее всего, речь идет о первой ситуации – то есть ваш арендодатель - унитарное предприятие.

Если имущество принадлежит унитарному предприятию на праве хозяйственного ведения или оперативного управления, то распоряжаться таким имуществом (в том числе и передавать его в аренду) предприятие может только с согласия собственника (ст.ст. 295 и 297 ГК РФ и ст.ст. 18 и 19 Федерального закона от 14.11.2002 №161-ФЗ «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях»).

То есть в рассматриваемом случае заключение договора аренды возможно только с согласия уполномоченного государственного органа. Договор, заключенный унитарным предприятием без согласия уполномоченного органа власти, является недействительным (п. 3 ст. 18 Федерального закона от 14.11.2002 №161-ФЗ «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях» и ст.ст.173 и 174 ГК РФ).

В описанной ситуации, также не совсем понятно: было ли получено согласие соответствующего органа власти на заключение договора аренды с вашей организацией или нет и что понимается под «перерегистрацией» этого договора. Скорее всего, речь идет не о «перерегистрации», а о получении согласия уполномоченного органа на заключение договора аренды

Если такое согласие было получено, то требование о получение нового согласия в связи со сменой руководителя соответствующего органа власти незаконно, а сама смена руководителя никак не влияет на правоотношения, возникшие между вами и арендодателем, и также не отменяет уже выданного согласия государственного органа на аренду недвижимости.

С другой стороны, если вами был заключен договор аренды без согласия уполномоченного органа власти, то он является недействительным, и в связи с данным фактом орган государственной власти предлагает вам, по сути, не «перерегистрировать» данный договор, а заключить новый. В этом случае это предложение основано на законе.

Кроме того, обратите внимание, что договор аренды недвижимого имущества, заключенный на срок не менее одного года, в соответствии с пунктом 2 статьи 651 ГК РФ, пунктом 1 статьи 131 ГК РФ, пунктом 1 статьи 164 ГК РФ, пунктом 1 статьи 4 и пунктом 1 статьи 26 Федерального закона от 21.07.1997 №122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним», подлежит обязательной государственной регистрации. При отсутствии такой регистрации договор считается также недействительным.

В том, что касается увеличения органом государственной власти размера платы за аренду в связи с проведением вами ремонта недвижимого имущества, то данный момент регулируется исключительно условиями заключенного между вами договора аренды и положениями гражданского законодательства РФ.

Согласно пункту 1 статьи 623 ГК РФ, отделимые улучшения арендованного имущества находятся в собственности арендатора (если иное не предусмотрено договором). В случае, если произведенные арендатором улучшения неотделимые, в соответствии с пунктом 2 статьи 623 ГК РФ, их стоимость компенсируется арендатору, если такие улучшения произведены с согласия арендодателя.

В результате ремонта объекта недвижимости происходит их улучшение. Таким образом, если ремонт представляет собой отделимые улучшения (например, перегородки, которые возможно убрать из помещения без проведения новых ремонтных работ, система освещения, вентилирования и прочее), то, если иное не предусмотрено договором аренды, вы имеете право забрать их при расторжении договора аренды, но требовать компенсации их стоимости от арендодателя не можете (если иное не предусмотрено вашим договором).

Если улучшения являются неотделимыми, то в данной ситуации имеет значение наличие или отсутствие согласия арендодателя на проведение данного ремонта. Если такое согласие есть – то вы имеете право требовать компенсации на основании документов, подтверждающих размер произведенных затрат на ремонт, и на основании согласия арендодателя на ремонт по соответствующей стоимости.

Если же такого согласия нет, то требовать компенсации от арендодателя вы не имеете права и обязаны передать ему объект недвижимости со всеми улучшениями по истечении срока действия договора аренды.

В том, что касается повышения стоимости арендованного имущества собственником, то арендодатель имеет право по соглашению сторон изменять размер арендной ставки не чаще одного раза в год (п. 3 ст. 614 ГК РФ). Это право арендодателя никак не связано с наличием (или отсутствием) в арендуемом имуществе отделимых или неотделимых улучшений, произведенных арендатором. Поскольку в рассматриваемой ситуации срок действия договора аренды менее одного года, условие арендодателя о передаче в аренду недвижимого имущества по новым арендным ставкам правомерно.

Для того чтобы в будущем избежать подобной ситуации, желательно заключить долгосрочный договор аренды, в котором следует определить четкий порядок увеличения размера арендных ставок арендодателем и четкий порядок компенсации арендодателем ваших затрат на проведение ремонта как в форме неотделимых, так и отделимых улучшений. Также следует прописать в договоре аренды ваше право на преимущественную аренду недвижимого имущества на условиях заключенного договора на тот же срок по истечении срока действия заключенного договора (ст. 621 ГК РФ).

Учитывая, что собственником недвижимого имущества является РФ или субъект РФ, следует предварительно узнать о наличии (или отсутствии) свидетельства о праве на данное имущество у унитарного предприятия, получить согласие на заключение договора аренды (вплоть до согласия уполномоченного органа на сами условия данного договора) от уполномоченного органа, после чего осуществить государственную регистрацию договора аренды в установленном законодательством РФ порядке